無尾港地區的主要河川均源自馬賽溪,認識歷史上馬賽溪水系演變的過程,可以讓我們更清楚瞭解「無尾港」這個名稱的由來。我們大致區分下述幾個時代,來說明馬賽溪水系演變的過程:
無尾港地區的主要河川均源自新城溪,歷年來對這條河川的稱呼有猴猴溪、馬賽溪、武荖坑溪、及新城溪等。
「無尾港」原為噶瑪蘭志略中所記載的「馬賽港」,日本時代因為海防的需要引導部份河水從頂寮附近出海,因此造成原出海口水量遽減。
1968年山洪爆發,土石淹沒農田,洪水沖毀出海口水門。洪水過後進行農地重劃,將原功勞埔至港口段的河道填平,並將溪水全部引到頂寮附近出海,造成原出海口淤塞,變成一沼澤湖泊。
早年,因為這裡雁鴨群集,堪稱獵人們的天堂,這些獵人以口耳相傳的方式,將這條位在北方澳崖角下,沒有出海口的河港,稱為「無尾港」。此後,外地人士甚至官方要劃定保護區時皆以此為名,反倒是許多在地居民不知道此處就是「無尾港」。